La familia Nohara viaja en el tiempo para hacer frente al temible Karakaka y sus intenciones de cambiar el curso de los acontecimientos.
Una agente especial de la patrulla temporal del siglo XXX tiene una importante misión: contactar con la familia Nohara. Para ello no se le ocurre otra cosa que introducirse en el cuerpo de Nevado y hablar con ellos por boca del perro de Shin chan.
Necesita que los Nohara la acompañen a la época de las guerras civiles en Japón, al año 1570. Un ser desconocido intenta distorsionar el rumbo de la Historia: el mundo entero y el presente como lo conocemos corren un gran peligro. Shin chan y su familia son nuestra gran esperanza. Pero el viaje no está exento de peligros: si no logran su objetivo se quedarán en el pasado para siempre.
En el siglo XVI conocen al joven Fubukimaru, señor del castillo de Kasukabe, que perdió su familia a manos del siniestro Karakaka. Cuenta la leyenda que tres héroes y un perro acudirán en su ayuda para acabar con el mal y rescatar a su hermana. Así que, juntos, inician la marcha hacia los dominios de Karakaka y sus esbirros.
Les espera una gran aventura en la que no faltan samuráis y ninjas, luchas espectaculares, grandes escenas de acción y engendros mecánicos. Como es habitual, Shin chan acaba convertido en la pieza que decidirá el destino del planeta. En un combate delirante contra el misterioso Karakaka y sus engendros deberá mostrar su habilidad con la katana. ¿Será capaz de encauzar los hechos y evitar que la línea temporal quede alterada para siempre?